Głównym celem Olimpiady jest rozwijanie zainteresowań historycznych oraz tworzenie warunków do pogłębiania wiedzy i umiejętności uczniów z zakresu historii, a także do kształtowania i umacniania świadomości historycznej młodzieży poprzez realizację celów szczegółowych, jakimi są:
- identyfikacja, wspieranie i promowanie najzdolniejszych uczniów zainteresowanych historią i stymulowanie ich rozwoju;
- wspieranie i promowanie nauczycieli zaangażowanych w pracę z uczniem zdolnym;
- doskonalenie umiejętności historycznych uczniów, w tym zwłaszcza w zakresie interpretacji historycznej oraz tworzenia narracji historycznej;
- weryfikacja wiadomości i umiejętności uczniów nabytych w czasie edukacji szkolnej;
- stworzenie warunków motywujących uczniów do opanowania wiadomości i umiejętności wykraczających poza podstawę programową, w tym zwłaszcza z zakresu historii regionu;
- wzbogacenie oferty szkolnej o przedsięwzięcie motywujące nauczycieli do podjęcia pracy z uczniem zdolnym.
Do celów długoterminowych Olimpiady Historycznej Juniorów należą:
- popularyzacja historii wśród młodzieży i wzmocnienie prestiżu historii jako przedmiotu szkolnego,
- kształtowanie i umacnianie świadomości historycznej młodzieży,
- rozwijanie zainteresowań historycznych uczniów,
- kształtowanie w uczniach postaw otwartych na zróżnicowane dziedzictwo historyczne współczesnych społeczeństw,
- rozwijanie umiejętności nabywania i prezentowania wiedzy historycznej,
- kształtowanie umiejętności wykorzystywania wiedzy historycznej w działaniach na rzecz wszechstronnego rozwoju społeczeństwa,
- rozwijanie u uczniów przekonania, że poznawanie przeszłości jest niezbędne dla rozumienia współczesnego świata,
- stworzenie warunków i rozwijanie współpracy środowiska nauczycielskiego, środowiska akademickiego oraz środowisk zajmujących się edukacją pozaszkolną (muzea, archiwa) w zakresie szeroko rozumianej edukacji historycznej.